Główna historia „NieR: Automaty” podzielona jest na trzy procesy. Choć pierwsze dwa przejścia w dużym stopniu się pokrywają, trzecia odsłona wyraźnie pokazuje, że jest jeszcze mnóstwo historii do odkrycia, nawet po pierwszym przejściu gry.
Chociaż istnieją trzy główne procesy, które musisz ukończyć, istnieje również wiele zakończeń, niektóre bardziej kompletne niż inne, a niektóre wymagają odegrania określonych ról i wykonania określonych czynności. Poniżej znajdują się wszystkie trzy grywalne postacie oraz sposób przełączania się między nimi.
Historia NieR: Automata kręci się wokół 2B, 9S i A2. 2B i 9S są partnerami i w zależności od tego, ile czasu poświęcisz na każdy proces, prawdopodobnie oni dwaj zyskają najwięcej czasu na grę. Każda postać ma swój własny, niepowtarzalny styl walki i nawet jeśli we wszystkich trzech przejściach użyjesz tego samego chipa, istnieją pewne subtelności, które sprawiają, że gra każdą postacią staje się nowym doświadczeniem. 2B, 9S i A2 to grywalne postacie w trakcie gry, ale zmiana grywalnych postaci może nie być taka prosta.
W pierwszej rundzie gry nie można w żadnym momencie zmieniać postaci. Role kontrolowane w każdym procesie są następujące:
Po wybraniu jednego z głównych zakończeń gry odblokujesz tryb wyboru rozdziału, w którym możesz teraz wybrać, którą postacią chcesz sterować. Korzystając z trybu wyboru rozdziału, możesz wybrać dowolny z 17 rozdziałów gry, do którego chcesz wrócić. W wielu rozdziałach liczby po prawej stronie ekranu zmieniają się w zależności od ukończonych lub nieukończonych zadań pobocznych. Jeśli postać wyświetla w rozdziale jakiekolwiek cyfry, możesz zdecydować się na ponowne rozegranie rozdziału tą postacią.
Niektóre późniejsze rozdziały, głównie Krok 3, pozwolą ci grać tylko w określone rozdziały określonymi postaciami, to się nie zmieni. Wybór rozdziału pozwala na zmianę postaci w dowolnym momencie, ale musisz także zmienić rozwój historii tak, aby można było nią sterować w głównej historii. Tak długo, jak zapiszesz grę przed wejściem do kolejnego rozdziału, wszelkie czynności wykonane w trybie wyboru rozdziału zostaną zachowane, co umożliwi ci zwiększenie wspólnego poziomu wszystkich trzech postaci w miarę zbliżania się do maksymalnego poziomu.