"NieR: Automata"nın ana hikayesi üç sürece bölünmüştür. İlk iki geçiş arasında çok fazla örtüşme olsa da üçüncü geçiş, ilk oynanıştan sonra bile keşfedilecek çok fazla hikaye olduğunu açıkça ortaya koyuyor.
Tamamlamanız gereken üç ana süreç olmasına rağmen, deneyimlenecek birçok son da vardır; bunlardan bazıları diğerlerinden daha eksiksizdir ve bazıları belirli roller oynamanızı ve belirli eylemleri gerçekleştirmenizi gerektirir. Aşağıda üç oynanabilir karakter ve bunlar arasında nasıl geçiş yapılacağı listelenmiştir.
NieR: Automata'nın hikayesi 2B, 9S ve A2 etrafında dönüyor. 2B ve 9S ortaktır ve her süreçte ne kadar zaman harcadığınıza bağlı olarak muhtemelen en fazla oyun süresini ikisi alacaktır. Her karakterin kendine özgü dövüş stili vardır ve üç geçişte de aynı eklenti çipini taksanız bile, her karakteri oynamayı yeni bir deneyim haline getiren incelikler vardır. 2B, 9S ve A2 oyun boyunca oynanabilen karakterlerdir ancak oynanabilir karakterleri değiştirmek o kadar kolay olmayabilir.
Oyunun ilk turunda hiçbir zaman karakter değiştiremezsiniz. Her süreçte kontrol edilen roller aşağıdaki gibidir:
Oyunun ana sonlarından birini seçtikten sonra, artık hangi karakteri kontrol edeceğinizi seçebileceğiniz Bölüm Seçim Modunun kilidini açacaksınız. Bölüm Seçim Modunu kullanarak oyunun 17 bölümünden herhangi birini seçerek geri dönebilirsiniz. Pek çok bölümde ekranın sağ tarafındaki sayıların tamamlanan veya tamamlanmayan yan görevlere göre değiştiğini göreceksiniz. Bir karakter bölümde herhangi bir sayı görüntülüyorsa bölümü o karakter olarak yeniden oynatmayı seçebilirsiniz.
Sonraki bölümlerden bazıları, çoğunlukla Adım 3, yalnızca belirli bölümleri belirli karakterler olarak oynamanıza izin verecek, bu değişmeyecek. Bölüm seçimi, karakterleri istediğiniz zaman değiştirmenize olanak tanır, ancak aynı zamanda hikaye ilerlemesini, o karakterin ana hikayede kontrol edilebildiği yere göre değiştirmeniz gerekir. Başka bir bölüme girmeden önce oyununuzu kaydettiğiniz sürece, bölüm seçme modunda tamamladığınız tüm eylemler korunacak ve maksimum seviyeye doğru çalışırken üç karakterin de ortak seviyesini artırmanıza olanak tanıyacak.