Der Hauptentwickler von Assassins Creed Shadows versichert den Spielern, dass die Auswahl eines einzelnen Protagonisten ihre Erfahrungen nicht wesentlich beeinflussen wird. Das Spiel enthält zwei spielbare Charaktere: Naoe, eine weibliche Shinobi, und Yasuke, eine historische afrikanische Samurai, eine Wahl, die eine Diskussion vor der Veröffentlichung generiert hat.
Es ergaben Bedenken, dass die Fokussierung auf einen Charakter zu fehlenden wichtigen Handlungspunkten oder einem Gameplay führen könnte. Der Kreativdirektor Jonathan Dumont sprach diese Bedenken an und beschrieb seinen eigenen ausgewogenen Ansatz: Er wechselt zwischen Charakteren und widmete ungefähr 3-5 Stunden vor dem einen, bevor er 2-3 Stunden zum anderen wechselte.
Dumont betont jedoch, dass die Priorisierung eines Charakters die Gesamterfahrung nicht behindert. Während jeder Protagonist einzigartige Eröffnungssequenzen und persönliche Handlungsstränge aufweist, passt sich das Spiel dynamisch an die Wahl des Spielers an. Er ermutigt die Spieler, als ihren bevorzugten Charakter zu spielen:
"Ich glaube nicht bleibt flexibel und passt sich Ihrem auserwählten Helden an. "