Pemaju utama Assassin's Creed Shadows 'memberi jaminan kepada pemain bahawa memilih protagonis tunggal tidak akan memberi kesan kepada pengalaman mereka. Permainan ini mempunyai dua watak yang boleh dimainkan: Naoe, seorang wanita shinobi, dan Yasuke, samurai Afrika bersejarah, pilihan yang telah menghasilkan perbincangan pra-pelepasan.
Kebimbangan timbul yang memberi tumpuan kepada satu watak mungkin membawa kepada titik plot yang hilang atau permainan. Pengarah Kreatif Jonathan Dumont membincangkan kebimbangan ini, menggambarkan pendekatan seimbangnya sendiri: dia bergilir antara watak-watak, mendedikasikan kira-kira 3-5 jam ke satu sebelum beralih ke yang lain selama 2-3 jam.
Walau bagaimanapun, Dumont menekankan bahawa mengutamakan satu watak tidak akan menghalang pengalaman keseluruhan. Walaupun setiap protagonis mempunyai urutan pembukaan yang unik dan jalan cerita peribadi, permainan secara dinamik menyesuaikan diri dengan pilihan pemain. Dia menggalakkan pemain bermain sebagai watak pilihan mereka:
"Saya tidak percaya anda akan terlepas banyak. Ini sangat bergantung pada gaya permainan anda. tetap fleksibel dan menyesuaikan diri dengan wira pilihan anda. "