हत्यारे के पंथ छाया के प्रमुख डेवलपर ने खिलाड़ियों को आश्वासन दिया कि एक एकल नायक चुनना उनके अनुभव को काफी प्रभावित नहीं करेगा। खेल में दो खेलने योग्य पात्र हैं: नाओ, एक महिला शिनोबी, और यासुके, एक ऐतिहासिक अफ्रीकी समुराई, एक विकल्प जिसने पूर्व-रिलीज़ चर्चा उत्पन्न की है।
चिंताएं पैदा हुईं कि एक चरित्र पर ध्यान केंद्रित करने से महत्वपूर्ण प्लॉट पॉइंट या गेमप्ले लापता हो सकता है। क्रिएटिव डायरेक्टर जोनाथन ड्यूमॉन्ट ने इन चिंताओं को संबोधित किया, अपने स्वयं के संतुलित दृष्टिकोण का वर्णन करते हुए: वह पात्रों के बीच वैकल्पिक रूप से, 2-3 घंटे के लिए दूसरे पर स्विच करने से पहले लगभग 3-5 घंटे को समर्पित करता है।
हालांकि, ड्यूमॉन्ट इस बात पर जोर देता है कि एक चरित्र को प्राथमिकता देने से समग्र अनुभव में बाधा नहीं होगी। जबकि प्रत्येक नायक अद्वितीय उद्घाटन अनुक्रमों और व्यक्तिगत स्टोरीलाइन का दावा करता है, खेल गतिशील रूप से खिलाड़ी की पसंद के लिए अनुकूल होता है। वह खिलाड़ियों को अपने पसंदीदा चरित्र के रूप में खेलने के लिए प्रोत्साहित करता है:
"मुझे विश्वास नहीं है कि आप बहुत कुछ याद करेंगे। यह वास्तव में आपकी खेल शैली पर निर्भर करता है। आप प्रयोग कर सकते हैं और देख सकते हैं कि खेल आपके चरित्र चयन के आधार पर कैसे समायोजित होता है। प्रत्येक नायक के अलग -अलग परिचय और समर्पित मिशन हैं, लेकिन कोर गेमप्ले लचीला रहता है और आपके चुने हुए नायक के लिए अनुकूलता है। "