Le développeur principal d'Assassin's Creed Shadows assure aux joueurs que le choix d'un seul protagoniste n'aura pas d'impact significatif sur leur expérience. Le jeu présente deux personnages jouables: Naoe, une femme Shinobi, et Yasuke, un samouraï africain historique, un choix qui a généré une discussion pré-libérée.
Des inquiétudes se sont présentées que se concentrer sur un personnage pourrait conduire à manquer des points de tracé cruciaux ou un gameplay. Le directeur créatif Jonathan Dumont a répondu à ces préoccupations, décrivant sa propre approche équilibrée: il alterne entre les personnages, consacrant environ 3 à 5 heures à l'un avant de passer à l'autre pendant 2 à 3 heures.
Cependant, Dumont souligne que la priorisation d'un personnage ne gênera pas l'expérience globale. Alors que chaque protagoniste possède des séquences d'ouverture uniques et des scénarios personnels, le jeu s'adapte dynamiquement au choix du joueur. Il encourage les joueurs à jouer comme personnage préféré:
"Je ne crois pas que vous manquerez beaucoup. Cela dépend vraiment de votre style de jeu. Vous pouvez expérimenter et voir comment le jeu s'ajuste en fonction de la sélection de votre personnage. Chaque héros a des introductions distinctes et des missions dédiées, mais le gameplay de base Reste flexible et s'adapte à votre héros choisi. "