O desenvolvedor principal da Assassin's Creed Shadows garante aos jogadores que a escolha de um único protagonista não afetará significativamente sua experiência. O jogo apresenta dois personagens jogáveis: Naoe, uma shinobi feminina e Yasuke, um samurai africano histórico, uma escolha que gerou discussão pré-lançamento.
Surgiram preocupações de que o foco em um personagem pode levar à falta de pontos cruciais da trama ou jogabilidade. O diretor criativo Jonathan Dumont abordou essas preocupações, descrevendo sua própria abordagem equilibrada: ele alterna entre os personagens, dedicando cerca de 3-5 horas a um antes de mudar para o outro por 2-3 horas.
No entanto, Dumont enfatiza que priorizar um personagem não dificultará a experiência geral. Enquanto cada protagonista possui sequências de abertura exclusivas e histórias pessoais, o jogo se adapta dinamicamente à escolha do jogador. Ele incentiva os jogadores a interpretar como seu personagem preferido:
"Eu não acredito que você perderá muito. Depende realmente do seu estilo de jogo. Você pode experimentar e ver como o jogo se ajusta com base na seleção de seu personagem. Cada herói tem introduções distintas e missões dedicadas, mas a jogabilidade principal permanece flexível e adapta ao seu herói escolhido. "